出口至洪都拉斯的FTA（自由贸易协定）原产地证办理流程主要包括以下几个步骤：

1. 了解FTA协定：首先，需要了解中国与洪都拉斯之间的FTA协定内容，包括享受的关税优惠、适用的产品范围等。

2. 确认产品符合原产地要求：根据FTA协定，只有符合原产地规则的产品才能享受关税优惠。因此，需要确认出口的产品是否符合洪都拉斯FTA原产地要求。

3. 准备必要文件：办理原产地证通常需要准备一些必要的文件，如出口合同、发票、装箱单、运输单据等。此外，还需要准备能够证明产品符合原产地要求的文件，如生产流程、原材料来源等。

4. 申请办理原产地证：可以通过中国国际贸易促进委员会或当地商检局申请办理原产地证。在申请时，需要提交上述必要文件以及FTA原产地证的申请表格。

5. 审核与签发：提交申请后，相关部门将对申请材料进行审核。审核通过后，将签发FTA原产地证。

6. 出具证书：获得签发的原产地证后，需按照洪都拉斯海关的要求进行证书的出具和提交。

整个流程中，需要注意的是确保所有文件和信息的准确性，以便顺利通过审核并享受FTA的关税优惠。同时，由于不同地区的具体流程和要求可能有所不同，建议在办理前先咨询当地相关部门或专业机构以获取更详细的信息和指导。

以上内容仅供参考，如需更准确的信息，建议咨询当地海关或专业的外贸服务机构。