出口到洪都拉斯的FTA（自由贸易协定）原产地证办理的内部流程主要涉及以下步骤：

1. 了解FTA协定和原产地证要求：首先，出口商需要了解洪都拉斯与中国之间的FTA协定，包括其中关于原产地证的规定和要求。这有助于确保出口商按照规定准备必要的文件。

2. 收集所需资料：出口商需要收集与产品相关的详细资料，包括产品的成分、制造过程、生产工厂和供应商信息等。这些信息将被用于确定产品是否符合洪都拉斯的原产地要求。

3. 准备原产地声明：根据收集到的产品信息，出口商需要准备一份原产地声明。这份声明将证明产品是在符合FTA协定规定的国家内生产或加工的。

4. 提交申请：出口商将原产地声明及相关资料提交给当地的原产地证办理机构（如中国国际贸易促进委员会等）。

5. 审核与验证：原产地证办理机构将对提交的资料进行审核和验证。这可能包括核实产品的制造过程、成分比例以及是否在符合FTA规定的国家内生产等。

6. 签发原产地证：经过审核和验证后，如果产品符合FTA的原产地要求，原产地证办理机构将签发原产地证。

7. 提交给进口商：出口商将签发的原产地证提交给进口商。进口商需要这份证书来证明产品符合FTA的原产地要求，并享受相应的关税优惠。

8. 后续跟踪与更新：如果FTA协定有任何变更或更新，出口商需要随时关注并更新其原产地证办理流程和要求，以确保继续符合规定。

请注意，具体办理流程可能因不同国家和地区的具体规定而有所不同。因此，在办理出口到洪都拉斯的FTA原产地证时，建议出口商与当地的原产地证办理机构或相关zhengfubumen进行详细咨询和确认。