出口商办理印尼FORM E原产地证书的方法如下：

1. 了解FORM E原产地证的相关规定和要求：在办理之前，出口商需要了解FORM E原产地证的相关规定和要求，包括证书的格式、内容、申请流程等。

2. 准备相关文件和资料：申请FORM E原产地证需要提供一些文件和资料，如出口合同、发票、装箱单、运输单据等。

3. 申请原产地证的机构：根据中国的出口原产地证书管理办法，可以前往国家质量监督检验检疫总局所属的原产地证办理机构申请，如当地的海关或者出证机构等。具体机构需要参照所在地的政策进行确定。

4. 在线申请或递交申请：确定好申请机构后，可以在其网站上在线填写申请表并上传所需文件，或者去出证机构现场递交申请。

5. 审核与认证：提交申请后，相关部门将对所提供的文件和资料进行审核和认证。如果需要进一步核实信息，可能会联系申请人进行补充或核实。

6. 领取原产地证：审核通过后，出口商可以前往出证机构领取FORM E原产地证。

此外，在办理过程中还需要注意以下事项：

1. 确保所提供的文件和资料真实、准确、完整，避免因信息错误而导致的证书无效或被退回。

2. 遵守印尼的进口规定和要求，确保所出口的商品符合印尼的标准和规定。

3. 注意FORM E原产地证的时效性，及时办理并确保在有效期内使用。

办理印尼FORM E原产地证需要仔细了解相关规定和要求，并准备齐全所需的文件和资料。如需更多信息，建议咨询当地海关或出证机构的工作人员。